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La CNIDH es une institution nationale indépendante créée par la loi n°1/04 du 5 janvier 2011 portant création de la commission Nationale Indépendante des Droits de l'Homme.
Dans son fonctionnement, la Commission n'est soumise qu'à la loi. Aucun organe étatique ne peut lui donner des injonctions. Tous les services de l'Etat lui accordent l'assistance et le soutien dont elle a besoin.
Elle est composée de (7) Commissaires élus pour un mandant de 4 ans renouvelable une fois. La Commision est administrée par un bureau Exécutif de trois membres (Président, Vice-Président et Secrétaire).
La Commission dispose d'un Secrétariat Permanent et de 4 antennes régionales (Ouest, Centre-Est, Nord et Sud).
La CNIDH est membre de différents réseaux d'institutions nationales des droits de l'homme y compris le Réseau des institutions Nationales Africaines des Droits de l'Homme (RINADH), l'Alliance Globale des institutions Nationales des droits de l'Homme(GANHRI), l'Association Francophones des Commissions Nationales des Droits de l'Homme (AFCNDH) et le Forum des INDH de l'EAC. Ella a le statut d'affilié auprès de la Commission Africaine des Droits de l'Homme et des Peuples.